网站建设合同的补充协议通常是为了调整或细化原合同中的条款，以应对项目变更、新增需求或其他未预见的情况。根据参考内容，补充协议应至少包含以下关键内容：
1. 争议解决方式：
明确指出任何因补充协议引起的争议解决流程，首先通过友好协商解决，协商不成时，可提交至特定的人民法院诉讼解决。
2. 项目变更详情：
具体描述变更的内容，如新增功能、设计调整或开发时间表的变动。
例如，乙方需在指定日期前完成特定功能的设计与开发。
3. 费用调整：
因变更产生的费用增减，明确增加或减少的具体金额。
规定新增费用的支付时间，确保双方对财务安排有清晰共识。
4. 技术支持与维护：
对于补充协议中涉及的新功能或服务，明确免费技术支持和维护的期限。
5. 优先级或顺序调整：
如果项目有多个部分，补充协议可能需要明确开发的优先顺序或时间表调整。
6. 生效日期与原合同关系：
确认补充协议自双方签字盖章之日起生效，并说明补充协议与原合同的关系，即补充协议是原合同的一部分，与原合同具有同等法律效力。
7. 其他事项：
包含任何其他未尽事宜的处理方式，以及强调未在补充协议中提及的事项将遵循原合同的相关条款。
8. 双方信息与签字：
乙方（或甲方）的盖章和日期，确保协议的正式性和法律效力。
确保补充协议详细、具体，且与原合同不冲突，同时覆盖所有变更点，是避免未来纠纷的关键。